בחודש יולי 2010, 21 שנים בדיוק לאחר שעזב את המועדון כשחקן פעיל, שב אורי מלמיליאן לבית"ר ירושלים, הפעם לעמדת המאמן. סגירת המעגל הייתה מרגשת הן עבור מלמיליאן, הן עבור המועדון ובעיקר עבור האוהדים. אלא שהרומן בין הצדדים לא החזיק מעמד עד לתום העונה ובתום המחזור ה-18, לאחר הפסד ביתי 2:0 למכבי פתח תקווה, החליט המאמן ביחד עם יו"ר הקבוצה איציק קורנפיין לסיים את תפקידו.

מלמיליאן עזב את הקבוצה עם המון אהבה והבטיח להישאר תמיד אוהד הקבוצה, במקומו הוחתם רוני לוי שסיים מספר חודשים קודם לכן קדנציה קצרה בקבוצת אוניארה הרומנית. תחת הדרכתו של רוני לוי, התרחקה הקבוצה ממאבקי התחתית ולפני תום העונה הבטיחה את הישארותה בליגה. לוי עזב את המועדון במהלך קיץ 2011 לטובת משרת אימון בסטיאווה בוקרשט, עוזרו דוד אמסלם מונה למאמנה הראשי של בית"ר ירושלים, אך אחרי שני משחקים במסגרת גביע הטוטו לפני פתיחת עונת 2011-2012, התפטר אמסלם ועזב את המועדון.

עונת 2011/12

בפתיחת העונה מונה יובל נעים למאמנה של בית"ר ירושלים. את העונה פתחה הקבוצה עם שלושה ניצחונות ליגה רצופים, אך ההמשך לא היה מבטיח ולאחר 24 מחזורים והדחה מגביע המדינה בשלב הראשון על ידי בני לוד, התפטר יובל נעים מתפקידו ובמקומו מונה אלי כהן שהגיע לקדנציה שלישית בבירה. בשני המשחקים הראשונים תחת כהן, רשמה הקבוצה תיקו ביתי מול מכבי ת"א והפסד חוץ למכבי חיפה, אך לאחר מכן הושגו 8 ניצחונות רצופים שהפכו לשיא הניצחונות באותה עונה. אחרי עונה לא פשוטה, סיימה בית"ר ירושלים במקום התשיעי בטבלה עם 50 נקודות, כהן הוחתם לעונה נוספת כמאמן הקבוצה.

בקיץ שלפני עונת 2012/13 נקלע המועדון למשבר תקציבי שאיים על המשך פעילותו, אוהדי הקבוצה התגייסו במסגרת עמותת האוהדים והזרימו לקבוצה כשני מיליון שקלים ויחד עם אנשי עסקים סייעו לה לעמוד על רגליה ולפתוח עונה, בעמדת המאמן עמד אלי כהן בקדנציה השלישית שלו בבית"ר. בינואר גאידמק ניסה לגייס כספים באמצעות מכריו בצ’צ’ניה והחתים שני שחקנים מטרק גרוזני דבר שעורר את מחאתם של רבים מהאוהדים שהפסיקו להגיע למשחקי הקבוצה. בית"ר שבאותה עת הייתה במקום הרביעי התדרדרה ונלחמה עד סוף העונה על חייה והבטיחה את הישארותה בליגה במשחק חוץ קשה מאוד באצטדיון דוחא מול בני סכנין במחזור האחרון.

עמותת אוהדי בית"ר ירושלים שהתגייסה לסייע למועדון בקיץ שקדם לעונת 2012/13 המשיכה בפועלה ויצרה במהלך מחאת האוהדים קשר עם אלי טביב ובסיוע בית המשפט שלושה שבועות לפני תחילת עונת 2013/14 סיימה את עידן ארקדי גאידמק במועדון והחלה את עידן אלי טביב.

עונת 2013/14

נפתחה עם בעלים חדש, אלי טביב. אלי טביב הזרים לקופת המועדון כספים רבים שייצבו אותה והסירו את האיום על המשך קיומה. אלי טביב הציב את אלי כהן בעמדת המאמן והחתים עבורו שחקנים רבים על פי בחירתו. אלי טביב הגיע לבית"ר על גלי האהדה של האוהדים וזוכה מהם לשיתוף פעולה רחב ומקבל תמיכה חוצת מחנות ביציעי הקבוצה, צעירים ומבוגרים, ירושלמים ולא ירושלמים, יושבי היציע המזרחי ויושבי היציע המערבי. בית"ר ירושלים פתחה את העונה מחוץ לטדי עקב השיפוצים באצטדיון, חזרה לארח באצטדיון טדי במחזור השישי מול הפועל ת"א ושחקניה העניקו לבעל הבית, אלי טביב, ל-30 אלף האוהדים ביציעים ומאות אלפים בבתים – ניצחון קטן שגרם לאושר גדול ולהתפרצות שמחה שלא נראתה בטדי שנים.

אם כבר נזכיר את המשחק נגד הפועל ת"א, במשחק הבית הראשון בטדי המחודש נשבר שיא הצופים בליגה ובטדי ועמד על 30 אלף צופים. באוקטובר 2013 ערך המועדון ערב גאלה באולמי VIEW בתלפיות, ששודר בטלוויזיה, בהשתתפות אנשי עסקים, שחקנים, זמרים ואנשי המועדון ומיתג את בית"ר ירושלים מחדש כמועדון מוביל. בדצמבר 2013 אחרי שלושה הפסדים רצופים ואובדן סבלנות של הקהל הוחלף המאמן אלי כהן ברוני לוי שחזר לקדנציה שנייה בבית"ר ירושלים.

עונת 2014/15

עם סיום כנגד כל הסיכויים, עונה מלאה תשוקה ואופי. בתחילתה של העונה הקבוצה שינתה את פניה כאשר קיבלה מאמן שהגיע מקבוצה קטנה אך עם שאיפות גדולות להצליח במועדון כמו בית"ר ירושלים. האמון של אלי טביב גרם לקהל להאמין במאמן חסר הניסיון ותחילה זכה לעידוד ולתמיכה מצד הקהל הבית"רי. יחד עם המאמן הטרי, בוריס קליימן, שוער המשנה של הפועל ת"א הוחתם לאחר הפרידה מאריאל הרוש. שחקנים צעירים ורעבים כמו עומר אצילי שהגיע מהפועל ראשל"צ ושלומי אזולאי סומנו כשחקני בורג מרכזיים כהבטחה לעתיד ועם הסגל הקיים בית"ר פתחה את משחקי הליגה כאשר היא אנדרדוג מוחלט עם סיכוי קלוש להשתלב בפלייאוף העליון, לפחות ע"פ התקשורת, שסימנה את בית"ר במאבקי התחתית. העונה התחילה כרגיל כעונה בינונית לכל דבר אך עם זאת כבר במחזור השני הצליחו להפתיע האריות מהבירה את מכבי חיפה 0:2, שבתחילת עונה הציגה סגל שהיה מועמד לקחת את האליפות. כידוע, עם הניצחונות בא התיאבון. מחזור מס' 5 – בלומפילד, משחק מול היריבה הפועל ת"א. בית"ר הגיעה למשחק מחויבת, מתוחה עם אוהדים רבים כשהגיעו למתחם האימונים על מנת לתמוך ולעודד את השחקנים ולהסביר להם את מהות המשחק. את תוצאת המשחק כולנו זוכרים, 0:2 לצהובים שחזרו הביתה עם 3 נקודות חשובות. הבעיה הגדולה של בית"ר י-ם הייתה ונותרה מול הקבוצות הקטנות כאשר גם העונה לא הצליחה לנצח את הפועל עכו, מכבי נתניה ואשדוד.

עם ההפסדים ותוצאות התיקו הרבות (מס' 1 בליגה יחד עם מ.ס אשדוד) הגיעו השינויים הדרמטיים בצוות המקצועי של הקבוצה. טביב הודיע על פיטוריו של מנחם קורצקי ובמקומו הוחתם גיא לוי. מאמן צעיר שבא מקבוצת בני סכנין. טביב ראה בלוי מאמן שאפתן שיודע לקחת את הסגל הקיים ולעשות שינויים גדולים. בינואר בית"ר י-ם התחזקה בשני שחקנים: ליביו אנטל, הקשר הרומני בן ה-25 ותומר סוויסה, חלוץ מהפועל ב"ש. לאורך כל העונה הסדירה הוכיח אנטל את עצמו והפך לבורג חשוב מאוד במרכז השדה יחד עם עומר אצילי וקלאודימיר פריירה המצוין שהיה עמוד התווך של הקישור הבית"רי. עם המשך העונה התגלה הפוטנציאל הענק שחבוי בסגל הצעיר ובית"ר הצליחה להתמקם גבוה בטבלת ליגת העל, עם זאת לקבוצה היה מכשול ענק – קריאות גזעניות לעבר שחקנים אחרים בקבוצות היריבות שגררו תוצאות כואבות במיוחד – משחקי רדיוס והורדת נקודות. ביה"ד לא הקל ראש בקבוצה מהבירה ונקט ביד קשה כלפי הגזענות. אלי טביב, בעלי הקבוצה, ראה זאת באור שלילי והוא למעשה היה צריך לתת את הדין בבית הדין. עם סיום העונה הסדירה הצליחה בית"ר להשתלב למרות הפחתת הנקודות ופתיחת העונה החלשה בפלייאוף העליון על חשבונה של הפועל רעננה. את העונה סיימה הקבוצה במקום הרביעי על אף כל הביקורות וההספדים מצד גופים רבים, והמאבקים העיקשים מול מכבי חיפה על מקום במוקדמות הליגה האירופית (בזכות ההפעלה של ב"ש ומכבי ת"א לגמר הגביע).

עונת 2015/16

אחרי כמעט עשור שהקבוצה נעדרה מהמפעלים האירופיים, בית"ר שבה בקיץ לזירה האירופית. הקבוצה התפרקה על כר הדשא והאוהדים "זכו" לאזכור בכל היבשת. בליגה בית"ר פתחה עם תיקו מאופס מול הפועל ת"א ואצטדיון מלא ואח"כ המחזורים הראשונים של העונה המשיכו בגמגום עם שלוש תוצאות תיקו והפסד לעולה החדשה. אחרי שנים של הפסדים מול היריבה מהמגזר, בערב שמחת תורה בית"ר יצאה למשחק חוץ קשה בדוחא נגד סכנין ושבה כל הדרך לירושלים בהקפות שמחה עם ניצחון 1:3 מתוק במיוחד. השינוי נגד סכנין נראה גם בניצחון 2:4 בבלומפילד נגד מכבי ת"א שהזכיר למכבי שבית"ר לא מוותרת על הליגה. עם ניצחון נוסף על  הפועל רעננה בית"ר חיברה שלושה ניצחונות רצופים וניצחה בסמי עופר 0:2 את מכבי חיפה והציפיות של האוהדים הרקיעו לשחקים. בסיבוב השני בית"ר חיברה עוד חמישה ניצחונות רצופים והבטיחה מקומה בפלייאוף העליון עם קריצה לצמרת הגבוהה. את הליגה סיימה בית"ר במקום השלישי אחרי פלייאוף פחות חזק אך עם פער שייצרה לעצמה במהלך הסיבוב השני המוצלח למדי כאשר סלובודן דראפיץ' הדריך את הקבוצה שכוכבה הבולט היה עומר אצילי.

עונת 2016/17

עם תום העונה המוצלחת של סלובודן דראפיץ' ועוזרו שי ברדה, נפרדה בית"ר מצמד המאמנים עקב מחלוקות כספיות בין המאמן לבעלים טביב. עם עזיבתו של דרפאיץ' מונה רן בן שמעון למאמן הקבוצה, והחל את הקדנציה שלו במועדון בגזרה האירופית. זה החל בתיקו ללא שערים מול סלובוסה טוזלה הסלובנית, ובגומלין בטדי בית"ר השיגה את הניצחון בזכות פנדל מוצלח של עומר אצילי. לאחר מכן פגשה בית"ר את אומוניה ניקוסיה הקפריסאית, וניצחה בטדי 0:1 משער של שמעון אבוחצירה, בגומלין בית"ר אמנם הפסידה 3:2 (צמד של אצילי), אך העפילה לשלב הבא בזכות שערי חוץ. בסיבוב השלישי פגשה הקבוצה את ילבה הלטבית, ולאחר 1:1 על אדמת לטביה, בית"ר הביסה את היריבה שלה בטדי 0:3 והעפילה לפלייאוף הליגה האירופית, אליו הוגרלה מול סט אטיין. במשחק הראשון בטדי בית"ר פתחה טוב עם שער מהיר של עידן ורד שחזר לשורות המועדון, אבל הצרפתים השיגו את המהפך וניצחו 1:2. אל הגומלין טסה בית"ר עם הרבה אמונה שאפשר לחזור מזה, אך הצרפתים היוו יריבה קשה במיוחד ולאחר 0:0 בהתמודדות בית"ר הודחה מאירופה, עם קמפיין אירופאי מכובד ביותר.
את העונה פתחה בית"ר מול מכבי פתח תקווה עם תיקו 2:2, ולאחר מכן תיקו 2:2 נוסף בטדי מול קריית שמונה. בהמשך העונה בית"ר התקשתה לצבור רצף של ניצחונות ולאחר תיקו 1:1 מול בני יהודה בחוץ הגיע בן שמעון לסיום דרכו במועדון. מי שהחליפו בתפקיד היה שרון מימר, שאימן אז את הפועל כפר סבא ופוטר. מימר במשחקו הראשון במועדון ניצח את עירוני קריית שמונה במסגרת רבע גמר גביע הטוטו, ובכלל פתח את הקדנציה שלו בצורה נהדרת במועדון. בין היתר בית"ר נסעה שוב לדוחא, והשיגה שם ניצחון מתוק 0:2 משערים של עידן ורד ואיתי שכטר.
לאחר הניצחון בדוחא יצאה בית"ר למשחק חוץ במושבה מול היריבה האדומה מת"א, ולאחר שנקלעה לפיגור מוקדם וראתה כרטיס אדום, הצליחה למרות זאת לבצע את המהפך וניצחה 1:2 מתוק מאין כמוהו. את העונה סיימה בית"ר במקום השלישי והעפילה עונה נוספת למוקדמות הליגה האירופית.

עונת 2017/18

בקיץ 2017 אלי אוחנה שב הביתה. הסמל הבלתי מעורער של המועדון, אשר זכה בתארים רבים והצעיד את הקבוצה למחוזות בלתי רגילים, שב לבית"ר תחת תפקיד נציג הבעלים ומחזיק זכויות הניהול במועדון. עם חזרתו של אוחנה לבית"ר, הצטרפו למועדון שחקנים נוספים ונבנה בקבוצה סגל יציב וחזק. אחד השחקנים הגדולים בכדורגל הישראלי, יוסי בניון, הצטרף לקבוצה לאחר שלא היה בתוכניות של מכבי ת"א. החתמה נוספת של טביב הייתה ז'ארוז'יניו הברזילאי, שכיכב במדי סכנין והגיע לבירה.
בית"ר פתחה את העונה עם המשחק הדרמטי מול ואשאש ההונגרית במסגרת מוקדמות הליגה האירופית. ההונגרים כבר הובילו 1:3 עד הדקה ה-87, אבל אז תוך 5 דקות בית"ר ביצעה מהפך מטורף וניצחה 3:4 במשחק שייזכר עוד זמן רב. בגומלין בית"ר לא התקשתה וניצחה 0:3 משערים של חן עזרא ואנתוני וארן. בסיבוב השני בית"ר הוגרלה מול בוטב פלובדיב הבולגרית. במשחק הראשון בארץ שהסתיים בתיקו 1:1, בית"ר שלטה אך החמיצה הרבה. בגומלין הסיפור כבר היה אחר והקבוצה הודחה לאחר שהובסה 4:0 בבולגריה. לאחר מכן פוטר שרון מימר מתפקידו. את הליגה הסדירה בית"ר פתחה בסוג של חוסר וודאות, כאשר על הקווים עמד עוזרו של מימר, גילי לבנדה, ובמחזור הפתיחה הביסה בית"ר 0:3 את מכבי ת"א. עם האוכל בא התיאבון ובמחזור השני בית"ר שוב השיגה את הנקודות, כשגברה 1:4 על מ.ס אשדוד. במחזור השלישי בית"ר נשארה מושלמת אחרי ניצחון דרמטי 1:2 על מכבי פ"ת במושבה.
מי שמונה למנהל המקצועי באותם ימים היה אלי כהן "השריף", שהגיע לקדנציה נוספת בבית"ר, אך לאחר כעשרה ימים סיים את תפקידו במועדון עקב התבטאות שנויה במחלוקת לערוצי התקשורת. בתוך כך, בית"ר מינתה מאמן חדש למועדון, והיה זה בני בן זקן הצעיר שקיבל את המפתחות מאלי טביב. בן זקן פתח דווקא ברגל שמאל במועדון כשהקבוצה הפסידה 3:2 לבני סכנין. אך לאחר מכן יצאה הקבוצה לדרך חדשה והצליחה לייצר רצף ניצחונות, שהציבו אותה חזק בתמונת הצמרת. לאורך כל העונה רצה בית"ר בצמוד להפועל באר שבע ולפרקים גם עלתה זמנית למקום הראשון בטבלה. עד למחזורי הסיום של העונה בית"ר הייתה בחלק העליון של הצמרת, כאשר הפועל ב"ש מובילה לפניה ומכבי ת"א יחד עם הפועל חיפה דלקו אחריה.
גם בגזרת גביע המדינה, בית"ר הציגה יכולת נפלאה. ייזכר במיוחד משחק חצי הגמר בסמי עופר, אליו הגיעו כ-20,000 אוהדים בצהוב שחור וסיפקו אווירה פשוט יוצאת מגדר הרגיל. זה החל בשער יתרון של ק"ש, אבל במחצית השנייה בית"ר השלימה את המהפך הודות לצמד של הסלובקי יאקוב סילבסטר (שהצטרף בינואר) וחברו הטוב אריק סאבו. למשחק הגמר הגיעה בית"ר עם ציפיות רבות לסיים את העונה עם תואר ביד לאחר שנים רבות, ובמיוחד שבשבועות שקדמו לכך הפסידה הקבוצה למכבי נתניה והפועל ב"ש ובכך איבדה סיכוי לזכות באליפות. אך לצערנו הפסידה הקבוצה בגמר הגביע באצטדיון טדי 3:1 להפועל חיפה, ובכך סיימה עונה מטורפת עם המון חגיגות ושערים נדירים, אך ללא תואר. את העונה הסדירה סיימה בית"ר במקום השלישי.

עונת 2018/2019

אחת העונות המוזרות ביותר של בית"ר ירושלים. לאחר קיץ לא קל, והדחה מוקדמת מהליגה האירופית ע"י צ'יחורה הגיאורגית, הגיעה נקודת המפנה של העונה. איש העסקים משה חוגג רכש את הקבוצה מידיו של אלי טביב, והחל להשקיע בה לאחר קיץ "רזה". הרבה מאוד שחקנים הגיעו והיו תחת שרביטו של המאמן גיא לוזון, אך הדברים לא התחברו כמו שצריך, ופתיחת העונה החלשה הביאה את הקבוצה להיפרד מגיא לוזון.

ניר קלינגר, שמונה במקומו, ניסה לייצב את שורות המועדון, ולעיתים זה היה נראה כאילו זה בדרך הנכונה, אך שורת תוצאות מאכזבות, בתוספת הדחה מהגביע, הביאו את בית"ר לעונה בה סיימה בפלייאוף התחתון. הקבוצה החזירה לשורותיה את יוסי בניון ממכבי פתח תקווה, ובסיום העונה, לאחר שהבטיחה את מקומה, הפך בניון למנהל המקצועי של הקבוצה. את העונה חתמנו עם טעם קטן וטוב, לאחר ניצחון 1:2 על אתלטיקו מדריד במשחק ידידות, בו טדי היה מלא עד אפס מקום. את השערים לזכות בית"ר כבש מאור בוזגלו, כשאנטואן גריזמן איזן זמנית במשחקו האחרון במדי הקולצ'ונרוס. וכעת, הגיע הזמן לכתוב עוד פרק בהיסטוריה של הקבוצה שלנו, עם מאמן חדש על הקווים, שחקנים חדשים ואווירה מחשמלת. יאללה בית"ר.

עונת 2019/20

העונה נפתחה עם מינויו של רוני לוי למאמן הקבוצה, שחזר לקדנציה שנייה במועדון, כשלצידו נמצא יוסי בניון כמנהלה המקצועי של הקבוצה לאחר שפרש ממשחק פעיל בסוף העונה הקודמת. הציפיות היו גדולות לקראת פתיחת העונה כשהקבוצה נבנתה מחדש. במועדון עבדו קשה בפגרת הקיץ על מנת לבנות קבוצה טובה, והוחתמו השחקנים צעירים ומבטיחים.

משחקי העונה הרשמיים נפתחו עם גביע הטוטו. הקבוצה עברה את שלב הבתים בצורה יפה, כאשר בדרך היא משיגה ניצחון יוקרתי על הפועל תל אביב ששלח אותה לשלב חצי הגמר נגד הפועל באר שבע. במשחק זה איבדה הקבוצה את מיכאל אוחנה שנפצע בברכו וסיים את העונה. למרות האכזבה מהפציעה של אוחנה, הקבוצה ניצחה את באר שבע 1:3, ועלתה לגמר גביע הטוטו נגד מכבי תל אביב.
את משחק הגמר אי אפשר היה לשכוח, הקהל בצהוב שחור מילא את אצטדיון נתניה ודחף את הקבוצה במשך כל המשחק ונתן אווירה מטורפת. במחצית השנייה בית"ר התעוררה ושלטה במשחק שנשמר בתוצאה מאופסת עד לדקה ה-87. כאשר שני הצדדים כבר התכוננו להארכה, ליוואי גרסיה הכניס כדור לרחבת החמש, ואנתוני וארן עם נגיעה קטנה אך גדולה שם את הכדור ברשת. בדקה
ה-92 עלי מוחמד בישל לאורי מגבו את השער השני וקבע את תוצאת המשחק. בית"ר זכתה בתואר לאחר שנים רבות ללא תארים ונתנה ציפייה להמשך העונה.

לאחר הזכייה בגביע הטוטו, הקבוצה נכנסה לשגרה של הליגה. השחקנים פגשו את אותה מכבי תל אביב מגמר גביע הטוטו מספר ימים לאחר מכן אך שם הסיפור היה שונה ובית"ר הובסה 4:0 על ידי מכבי. לאחר מכן הקבוצה המשיכה וניסתה לשדר יציבות ולצבור כמה שיותר נקודות, אך זה היה קשה משחשבנו. הניצחון הראשון בטדי בעונה זו, הגיע במחזור התשיעי נגד הפועל כפר סבא. המשחק כמעט ונגמר בתיקו מאופס, עד ששלום אדרי נכנס כמחליף ובדקה ה-85 כבש את שער הניצחון. חוסר היציבות המשיך לאפיין את הקבוצה בהמשך כשהיא לא מצליחה לייצר מומנטום חיובי ומפסידה במחזור העוקב 3:1 למכבי חיפה בסמי עופר.

נקודת אור שהגיעה מהקבוצה בהמשך היתה במשחק נגד הפועל תל אביב. בלומפילד התמלא עד אפס מקום, החבורה של רוני לוי ניצחה 0:1 משער של פרדי פלומיין בדקה ה-25 ונתנה לאוהדים תקווה להמשך. הסיבוב הראשון נגמר בצורה טובה אך עם ציפייה שהקבוצה תמשיך ותתחבר ותראה את יכולותיה האמיתיות עם התקדמות העונה.

בפתיחת הסיבוב השני, הקבוצה פגשה את הפועל באר שבע באצטדיון טרנר, בקרב על המקום השלישי. בדקה ה-36 נגח שלומי אזולאי פנימה את שער הניצחון. בעקבות הניצחון, הקבוצה עלתה למקום השלישי בטבלה בפעם הראשונה באותה עונה. בהמשך, נראה היה שהשחקנים התחילו להתחבר והקבוצה ניצחה לא מעט פעמים כאשר זכור לטובה בעיקר הניצחון על מכבי חיפה בטדי. לצד זה, הקבוצה לא הצליחה להעלים לחלוטין את חוסר היציבות שסבלה ממנו וכבר במשחק לאחר מכן הפסידה להפועל תל אביב.

במסגרת משחקי גביע המדינה ששוחקו במהלך העונה, הקבוצה הביסה את הפועל ראשון לציון בתוצאה 0:5 ועלתה לשמינית הגמר, כאשר עלי מוחמד כובש את השער הראשון שלו בטדי ולירן רוטמן כובש את שער הבכורה שלו במדי בית"ר. אביאל זרגרי שגדל במחלקת הנוער של המועדון ערך את הופעת הבכורה שלו בבוגרים במשחק זה וגם התכבד בבישול השער הרביעי. בשמינית הגמר הקבוצה פגשה את בני ריינה וניצחה 1:3. לצערנו, חלום הגביע נגדע, כאשר ברבע הגמר הודחה הקבוצה עם הפסד צורב למכבי פתח תקווה מהליגה הלאומית בקרב בפנדלים. זו הייתה אכזבה גדולה לקבוצה, אך הפנים היו קדימה לליגה, שם נלחמו השחקנים על הכרטיס לאירופה.

עם סיום הסיבוב השני, מגיפת הקורנה הפתיעה את העולם וגם את הכדורגל הישראלי, הליגה הופסקה עד להודעה חדשה כמו גם רוב הפעילות במשק הישראלי, ולאחר זמן קצר גם האימונים הופסקו . סגר כללי הוחל על מדינת ישראל, במהלכו השחקנים ערכו אימונים בביתם יחד עם כל הקבוצה דרך הזום. לקראת סוף חודש אפריל, אושרה החזרה לאימונים של הקבוצות, כאשר פעילות הליגה חודשה רק בסוף חודש מאי. לאט ובזהירות ניסו כולם לחזור לשגרה חדשה של קורונה, כאשר בזמן הזה ניתן היה לשחק משחקי אימון בלבד, עד לאישור המיוחל לחידוש הליגה.
לאחר פגרה כפויה של כמעט שלושה חודשים, נפתח הפליאוף העליון במשחק נגד הפועל באר שבע בטדי, כמובן שללא קהל, המשחק נגמר תיקו 1:1 משער של ליוואי גרסיה ועם כמה הצלות גדולות של איתמר ניצן.

הפליאוף העליון התאפיין במשחקים רבים שנגמרו בתיקו ועם הפסד מאכזב 3:0 להפועל ת״א. לאחר מספר משחקים נקמה הקבוצה וניצחה את הפועל באותה תוצאה. מחזור סיום העונה נגד מכבי חיפה נגמר בתיקו 2:2 נהדר, כשעידן ורד ושלומי אזולאי כובשים לטובת הקבוצה. בסופו של דבר, העונה הסתיימה עם הבטחת המקום השלישי בטבלה והבטחת המקום באירופה.

המילניום החדש הביא עימו שינויים גם במועדון הכדורגל בית"ר ירושלים. לאחר שנים רבות בהם הקבוצה התקיימה כאגודה, לראשונה בתולדות המועדון הוא נמכר בתחילת המילניום לבעל בית פרטי – גד זאבי.

רכישת הקבוצה על ידי בעל בית פרטי גרמה למסע רכש נוצץ של כוכבים ביניהם ג’ובאני רוסו שהגיע מהאלופה הפועל חיפה ביחד עם מאמנו אלי גוטמן, אלון מזרחי מלך השערים בכל הזמנים ובלם הנבחרת אמיר שלח. במרבית שלבי העונה הוליכה הקבוצה את הליגה, אך סוף עונה עגום שלווה בעזיבה של גוטמן – גרם לקריסה של המועדון. בתום העונה הודיע גד זאבי כי הוא עוזב את המועדון וגרם לאחד התקופות הקשות ביותר שידעה הקבוצה.

בקיץ 2001 נשלח המועדון להליך פירוק, בסיומו רכשו את הקבוצה אנשי העסקים מאיר ושאול לוי, ששון שם טוב ומאיר פניג’ל. השנים הבאות היו שנים בהם נאבק המועדון על מקומו בליגה – אך במקביל בנה את השלד שבעתיד יהיה חלק מהחזרה לקדמת הבמה.

בעונת 2003-2004 מונה אלי אוחנה למאמן המועדון בקדנציה השנייה שלו בקבוצת נעוריו. אוחנה גיבש קבוצה צעירה שכללה שחקנים בני 18 כדוגמת עמית בן שושן, אבירם ברוכיאן, ברק יצחקי, מאור מליקסון, אלירן דנין ושלומי ארבייטמן. במשך שנתיים אימן אוחנה את המועדון ובעונתו השנייה סיים במקום הרביעי בליגה והשיג את הכרטיס למפעל האינטרטוטו האירופאי.

קיץ 2005 סימן פרק חדש במועדון. אחרי חצי עשור בה היה המועדון בשולי הבמה, הגיע המיליארדר הרוסי ארקדי גאידמק ורכש את המועדון מידיהם של מאיר פניג’ל, מאיר לוי ושאול לוי. הצרפתי לואיס פרננדס מונה למאמן הקבוצה ובכך הצהירה הקבוצה על שאיפותיה הגבוהות.

פרננדס הביא עימו מספר כוכבים ביניהם השחקן הצרפתי ג’רום לרואה, דויד אגאנזו שגדל בריאל מדריד, פאבריס פרננדס שהגיע מבולטון וגל אלברמן שחזר מטנריף. בתום העונה סיימה הקבוצה במקום השלישי בטבלה ופרננדס הודיע על עזיבה, אך התשתית לעונה הבאה הונחה.

עונה לאחר מכן,עונת 2006-2007 חתמו בקבוצה סוללת כוכבים ביניהם מיכאל זנדברג ואריק בנאדו שהגיעו ממכבי חיפה, שמעון גרשון שהגיע מהפועל ת"א, טוטו תמוז מהפועל פ"ת, דרק בואטנג מסולנה השבדית ובנוסף לשחקני הבית שצברו ניסיון כדוגמת אבירם ברוכיאן, ברק יצחקי ועמית בן שושן, היעד היה ברור – זכייה באליפות. המאמן הארגנטינאי אוסוואלדו ארדילס חתם במועדון אך לאחר שלושה מחזורים פוטר. במהלך בזק הוחתם שוער העבר יוסי מזרחי שהוביל את המועדון לזכייה באליפות בתום העונה. עשור לאחר הזכייה האחרונה באליפות – חזרה בית"ר ירושלים למרכז הבמה. בתום העונה סיים מזרחי את תפקידו בקבוצה ובמקומו מונה המאמן יצחק שום. בתום העונה זכה מיכאל זנדברג בתואר שחקן העונה. הקפטן איציק קורנפיין פרש ממשחק פעיל ומונה למנכ"ל המועדון.

עונת 2007-2008 תכנס לספרי ההיסטוריה כעונה הטובה ביותר של המועדון. סוללת הכוכבים מהעונה הקודמת המשיכה וללא קושי רב סיימה הקבוצה את העונה במקום הראשון בפער של 9 נקודות ממכבי נתניה סגניתה. ב-13 במאי 2009 נערך גמר גביע המדינה בו פגשה בית"ר ירושלים יריבה ותיקה – הפועל ת"א. בדיוק כמו בצמד המשחקים בפעמיים הקודמות בהם הגיע המועדון לגמר, גם הפעם המשחק נשלח לבעיטות הכרעה מ-11 מטרים. טברקטו קאלה שעמד בין הקורות עצר את הפנדל האחרון של הפועל ת"א ושלח את הקבוצה לחגוג זכייה בדאבל היסטורי. היה זה סגירת מעגל היסטורית. בתום העונה נבחר גל אלברמן לשחקן העונה רגע לפני שהוא עזב לבורוסייה מינשנגלאדבך הגרמנית.

קיץ 2008 היה קיץ שחור עבור המועדון. אחרי ניצחון ביתי 1:2 על ויסלה קרקוב הפולנית במסגרת מוקדמות ליגת האלופות, הובסה הקבוצה 5:0 בפולין ומשבר נרשם מסביב למועדון. ארקדי גאידמק שהתאכזב מההפסד – הודיע שלושה חודשים לאחר מכן על הפסקת התמיכה במועדון לאחר שהשקיע לא פחות מ-400 מיליון שקלים, יצחק שום פוטר חודש לאחר ההפסד בקרקוב ושבוע לפני שהמאמן פוטר, נשלח גם היו"ר דאז אלי ארזי לביתו לאחר כהונה של שנה וחצי. אל משבצת היו"ר החדש נכנס מי שהיה שנה קודם לכן מנכ"ל המועדון ולפני כן קפטן הקבוצה ושוערה במשך 12 שנה – איציק קורנפיין.

את מקומו של יצחק שום תפס ראובן עטר ובעונה בה ריחף חוסר וודאות לגבי עתידו הכלכלי של המועדון, הצליח המאמן להוביל את הקבוצה עד לגמר הגביע. במעמד הגמר פגשה בית"ר ירושלים את האלופה הטרייה מכבי חיפה וניצחה אותה 1:2 משערים של אבירם ברוכיאן והמגן הצ’יליאני כריסטיאן אלברז. חגיגות הזכייה בגביע היו מהולות בעצב לאור חוסר הוודאות של הקבוצה ללא תמיכתו של גאידמק. במהלך פגרת הקיץ שוחררו שלושה שחקנים ביניהם יואב זיו, דרק בואטנג ומשה אוחיון. בתום העונה עזבו את המועדון השוער טברקטו קאלה והקשר מיכאל זנדברג – שניים שהיו שותפים לדאבל ההיסטורי. הקפטן דוד אמסלם פרש בתום העונה.

קיץ 2009 היה כמעט שחזור של קיץ 2001 אז מצא המועדון את עצמו בהליך פירוק. עם התחייבויות של כ-50 מיליון שקלים וללא מימון של הבעלים ארקדי גאידמק, נקלע המועדון למבוי סתום וסכנת הפירוק ריחפה בפעם השנייה בתוך עשור מעל המועדון.

הישועה הגיעה מכיוון איש העסקים גומא אגיאר, שהסכים להיות הספונסר של המועדון ולהזרים 4 מיליון דולרים שיאפשרו לקבוצה להתקיים ללא צורך בפנייה לפירוק. במקביל ערך היו"ר קורנפיין סבב שיחות עם השחקנים והצליח להגיע איתם לסיכום על פיו הם יקצצו את החוזים שלהם ב-50 אחוזים. כך למעשה הצליח המועדון לפתוח את העונה כשעל הקווים חזר לעמוד המאמן יצחק שום.

בעונה הפכפכה למדיי זכתה הקבוצה בגביע הטוטו (המפעל השלישי בחשיבותו) וסיימה את העונה במקום החמישי. בתום המחזור ה-23 לאחר הפסד להפועל חיפה, עזב יצחק שום את תפקידו ובמקומו מונה עוזרו דוד אמסלם – שפרש רק מספר חודשים קודם לכן מכדורגל פעיל. תחת הדרכתו של אמסלם סיימה הקבוצה במקום החמישי.

בתסריט דומה של העשור הקודם, פתחה בית"ר ירושלים את העשור בליגה הארצית (הליגה השנייה בטיבה). בעונת 1990/91 החליט אלי אוחנה לוותר על הקריירה האירופית וחזר לקבוצת נעוריו כדי לעזור לה לחזור לליגה הלאומית. באצטדיון החדש, "טדי", שנבנה בשכונת מלחה בירושלים, חזר המועדון למקומו הטבעי ובתום העונה העפיל בחזרה לליגה הלאומית.

עונה לאחר מכן שב דרור קשטן לאמן את הקבוצה וביחד עם שחקן הרכש מהפועל ר"ג – רונן חרזי, הפתיעה הקבוצה כשזכתה בתום העונה באליפות השנייה בתולדותיה. עונה זאת סימנה גם את השינוי במעמד הקבוצה – העובדה שהאליפות נלקחה באצטדיון החדש במלחה, הגדילה באופן חד את כמויות האוהדים שהחלו להגיע למשחקים וזאת בעקבות הקיבולת הגדולה של האצטדיון החדש.

האליפות בעונת 1992/93 החזירה את בית"ר ירושלים לקדמת הבמה ובעונת 1996/97 זכתה הקבוצה באליפות נוספת תחת המאמן אלי כהן. הייתה זאת אחת האליפויות היפות באותו עשור.
אלי אוחנה בגיל 33, סחף את הקבוצה לאליפות עם 14 שערים. על המקהלה ניצחו גם יוסי אבוקסיס, סטפן שאלוי ואיציק זוהר. בסיום אותה עונה הוענקה לבית"ר ירושלים צלחת אליפות – הראשונה שהעניקה אי פעם ההתאחדות לקבוצה בישראל. בתום העונה נבחר אוחנה לשחקן העונה של הליגה.

עונה לאחר מכן חזר דרור קשטן לקדנציה שלישית בבית"ר ירושלים. ציפיות רבות נתלו מסביב לקבוצה לאור האליפות שקדמה בעונה שקודם לכן. אחרי מכירת כוכבים מאסיבית וללא אלי אוחנה שנפצע במחזור השביעי וסיים את העונה בעקבות הפציעה, הקושי לשחזר עוד אליפות היה גדול מאוד. מספר שחקני רכש חדשים ביניהם ניר סביליה, אישטוואן האמר והשאלתו של אלון חרזי ממכבי חיפה – עזרו למועדון לזכות באליפות שנייה ברציפות ורביעית בסך הכל. שני מחזורים לתום העונה ניצחה הקבוצה 2:3 את הפועל בית שאן משער בדקה ה-90 של ההונגרי אישטוואן פישונט, הניצחון בקריית אליעזר העניק למועדון את אחת מהאליפויות המתוקות בהיסטוריה וזאת לאור המאבק בצמרת עם היריבה המושבעת הפועל ת"א.

בסוף שנות ה-90 הגיעה בית"ר ירושלים פעמיים למעמד גמר גביע המדינה ובשני המשחקים פגשה את הפועל ת"א. שני המשחקים הגיעו עד להכרעה של בעיטות עונשין מ-11 מטרים. מה שהיה אמור לסיים את העשור הטוב ביותר של בית"ר ירושלים, הפך למפח נפש כשבשני המשחקים הקבוצה לא הצליחה לנצח. אלי אוחנה שפרש ממשחק פעיל, מונה למאמן בעונת 1999/00 והוליך את הקבוצה בעונתו הראשונה כמאמן עד לגמר הגביע.

בתחילת שנות ה-80 צמח שחקן נוסף שעתיד לשנות את פני המועדון – אלי אוחנה שמו. בעונת 1980/81 שיחקה בית"ר ירושלים בליגה השנייה ואוחנה בעונתו הראשונה בקבוצה הבוגרת עזר לה לחזור לליגה הלאומית.

עונת 1983/84 תירשם בספרי ההיסטוריה כאחת העונות האכזריות שידע המועדון. הקבוצה דהרה אל עבר תואר האליפות ואף פתחה פער של 13 נקודות ממכבי חיפה השנייה בטבלה, אלא שיכולת לא טובה במחזורי הסיום צמצמה את הפער. במשחק הנעילה מול הפועל ת"א בימק"א, הייתה זקוקה הקבוצה לתיקו או לניצחון. צמד של משה סיני העניק לאדומים את הניצחון, מה שהקנה למכבי חיפה את האליפות. מאז אותו משחק הפכה הפועל ת"א ליריבה הספורטיבית הגדולה ביותר של בית"ר ירושלים.

בעונת 1984/85 זכתה בית"ר ירושלים בגביע השלישי בתולדותיה אחרי ניצחון 0:1 על מכבי חיפה בגמר, את השער היקר כבש אלי אוחנה בדקות הסיום של המשחק מה שהביא את האות לחגיגות. בעונת 1985/86 זכה המועדון בגביע נוסף, הפעם לאחר ניצחון 1:2 על שמשון ת"א בגמר משערים של אוחנה ומלמיליאן. בעונות אלו ביסס אלי אוחנה את מעמדו ככוכב הקבוצה, יחד עם אורי מלמיליאן, כאשר כבשו שערים רבים ומכריעים, שסייעו לקבוצה לזכות בתארים.

מומנטום התארים נמשך גם בעונה שלאחר מכן. בעונת 1986/87 זכתה בית"ר ירושלים בתואר האליפות הראשון שלה. תחת הנהגתם של אלי אוחנה ואורי מלמיליאן במגרש ודרור קשטן על הקווים, רצה הקבוצה לאליפות ועשתה היסטוריה. בכל אותה עונה שיחקה בית"ר ירושלים את משחקי הבית שלה באצטדיון בלומפילד בת"א בעקבות מצבו הרעוע באותה העת של המגרש הביתי ימק"א.

בעונת 1988/89 זכה המועדון בגביע השלישי באותו עשור והחמישי בסך הכל אחרי ניצחון בגמר על מכבי חיפה. לדעת רבים מדובר במשחק הגמר הגדול ביותר ששוחק אי פעם במדינת ישראל. דרמה אדירה עם שערים נפלאים הסתיימה בדו-קרב פנדלים מותח ובסיומו זכו הצהובים-שחורים להניף את הגביע. המשחק הזכור היה משחקו האחרון של אורי מלמיליאן בבית"ר ירושלים, משחק בו צפה אלי אוחנה כאוהד אחרי שעזב קודם לכן לקריירה מפוארת בבלגיה.

חציו הראשון של העשור לא בלט בהישגים יוצאי דופן, אך הצמיח את מי שישנה בשנים הבאות את עתידו של המועדון. עמנואל שפר שקיבל את שרביט האימון, העלה לקבוצה הבוגרת נער צעיר בן 16 בשם אורי מלמיליאן, שהפך במו רגליו את בית"ר מעוד קבוצה בליגה, למועדון מרכזי בצמרת הכדורגל הישראלי.

עונת 1974/75 הייתה עונה לא קלה. הקבוצה ריצתה עונש רדיוס בגין התפרעות האוהדים בסיום העונה שקדמה לה (ליל הצינורות בפ"ת), והתקשתה הן במישור המקצועי והן במישור הכלכלי. מלמיליאן, בעונתו השנייה במועדון, לא הצליח לעזור לקבוצה להישאר בליגה הראשונה ובתום העונה הסדירה סיימה בית"ר ירושלים במקום ממנו יורדים לליגה השנייה. אבל אז קרה דבר מפתיע – שני חברי כנסת צעירים, אהוד אולמרט ויוסי שריד שהיו בוועדת הספורט של הכנסת, בדקו שחיתויות וגילו מספר משחקים לא כשירים בליגה. בעקבות כך הוחלט בצעד חריג על הקפאת העולות והיורדות, מה שהשאיר את בית"ר ירושלים בליגה הלאומית. באותה עונה הצליחה הקבוצה להעפיל לראשונה בתולדותיה לגמר הגביע, אך הפסידה 3:1 להפועל כפר סבא וסיימה כסגנית בלבד.

בעונה שלאחר מכן 1975/76 רשם המועדון את הזכייה הראשונה שלו בתואר כלשהו בכדורגל הישראלי. אחרי מפח הנפש של העונה הקודמת, הפעם ניצחה בית"ר ירושלים בגמר 1:2 את מכבי ת"א בניצוחו של אורי מלמיליאן במגרש וניסים בכר על הקווים. במקביל, הקבוצה רצה חזק בצמרת הליגה אך סדרת משחקים לא טובים בתום העונה מנעה מהקבוצה את הזכייה באליפות.

בעונת 1978/79 רשמה בית"ר ירושלים זכייה שנייה בגביע, כשבגמר ניצחה שוב את מכבי ת"א בתוצאה 1:2. בסיום המשחק סיים גם היו"ר רובי ריבלין את תפקידו בקבוצה לאחר שהודיע כי אין בכוונתו להמשיך לעונה הבאה.

בראשיתן של אותן שנים ולאחר כ-20 שנה, החליט מנהל הקבוצה שמואל קירשטיין לפנות את הבמה ולעזוב את המועדון. את מקומו תפס אלי גבאי שמיד לאחר שנכנס לתפקידו החדש החליט שיש לשנות את צבעי הקבוצה שעד לאותה העת היו שחור-לבן. לאחר התלבטות קלה נפל הפור על הצבע הצהוב. ב-8 באוקטובר 1960 שיחקה בית"ר ירושלים לראשונה בתולדותיה בחולצה הצהובה. היה זה במשחק הביתי בימק"א נגד מכבי חדרה, משחק בו ניצחה הקבוצה 1:2 וזכתה לתגובות חיוביות מצד הקהל על צבע החולצה החדש.

במהלך שנות ה-60 עשתה בית"ר ירושלים את מירב המאמצים על מנת לשוב לליגה הלאומית – הליגה הבכירה באותה העת. שחקן הרכש הבולט בתחילת אותו עשור היה היהודי הארגנטינאי סמואל רזניק, שהגיע תחילה כשחקן ולאחר מכן הפך למאמן.

עונת 1966/67 התארכה לעונה נוספת בעקבות מלחמת ששת הימים ובתום צמד העונות רשמה בית"ר ירושלים חזרה מחודשת לליגה הלאומית. באותה העת פיארו את סגל הקבוצה אגדות כדורגל דוגמת ד"ר ראול גלר, אודי רובוביץ’, שאול מזרחי, שמעון צ’רנוחה כשמעליהם ניהלו את הקבוצה האחים לייזי ורובי ריבלין. ניצחון 0:1 בתום העונה על רמת עמידר משער של אודי רובוביץ’ העניק למועדון את כרטיס העלייה לליגה הלאומית ולאחריו נוצר המשפט המפורסם: "מי דפק את עמידר? אודי חמודי".

שנות החמישים אופיינו בעיקר כשנות העלייה והירידה של המועדון. בשנת 1954 העפילה הקבוצה לראשונה בתולדותיה לליגה הראשונה, אך בתום אותה עונה ירדה הקבוצה בחזרה לליגה ב' (שהייתה אז הליגה השנייה), בעונה שבה מרבית שחקניה בסגל סגרו את עונתם ה-14 במועדון, וגילם המופלג נתן את אותותיו בירידה. בשנת 1958 זכתה בית"ר ירושלים באליפות הליגה השנייה, אך לא העפילה לליגה הראשונה בשל שינוי מבנה ליגות והקפאת העליות.

שנות החמישים למעשה סימנו את תחילת בניית הקהל של בית"ר ירושלים. הוא הורכב ברובו מאנשי תנועת חירות שסבלו באותה העת מאפליה קשה מצד הממסד. אזרחים רבים שסבלו משלטון מפא"י ומהאפליה המכוונת, מצאו מקום מקלט בקבוצת הכדורגל בית"ר ירושלים שהזדהתה באופן מובהק עם הצד הימני של המפה הפוליטית וסבלה באותה העת מהממסד. במגרש הביתי בימק"א מצאו אותם אוהדים את ביתם.

מועדון הכדורגל בית"ר ירושלים נוסד בשנת 1936 בירושלים ע"י דוד הורן שהיה ראש קן בית"ר בעיר ירושלים, וע"י סגנו שמואל קירשטיין. השניים ראו לנגד עיניהם קבוצה שיש בה "הוד" ו"הדר" שהם שני המאפיינים החשובים ביותר בכל בית"רי באשר הוא.

בשנותיה הראשונות הייתה קבוצת הכדורגל של בית"ר ירושלים קבוצה חובבנית ששיחקה על "מגרש הבננות" שעמד קרוב ל"קן" הבית"רי בירושלים – מה שסימן כבר אז על הקשר הפוליטי לקבוצה. בהרכב הקבוצה שיחק באותם שנים חיים קרופו שהפך במשך השנים לשר בממשלת ישראל.

ב-8 באוגוסט 1947 פרסם הנציב הבריטי פקודה על פייה תנועת בית"ר היא איננה תנועה חוקית וכתוצאה מכך נפגעה גם קבוצת הכדורגל של בית"ר ירושלים, שרבים משחקניה היו חיילים באצ"ל – אותה מחתרת שפעלה כנגד הבריטים. על מנת לאכוף את הפקודה, שונה שמה של בית"ר ירושלים ל"נורדיה ירושלים" – אותה גברת בשינוי אדרת. באותם שנים כיכב בקבוצה החלוץ סימון אלפסי שנחשב עד היום לאחד משחקניה הגדולים של המועדון.

שנה לאחר מכן, עם ההכרזה על הקמת מדינת ישראל ויציאתם של הבריטים משטחי ישראל, חזר שמו של המועדון ל "בית"ר ירושלים" וסמל הקבוצה נקבע לסמל המנורה. מאז ועד היום.